22-11-1949: Sinh tại xã Hải Thanh, huyện Tĩnh Gia, tỉnh Thanh Hoá.
1955 -1962: học tại trường Tiểu học giáo xứ Thanh Hải, Phan Thiết
1962 - 1967: học tại Tiểu chủng viện Nha Trang
1967 - 1968: học tại Trường Thiên Hựu, Huế
1968 - 1970: học tại Chủng viện Chúa Chiên Lành, Đà Lạt
1970 - 1977: học tại Giáo hoàng Học viện Thánh Piô X, Đà Lạt
1977 - 1992: sống với gia đình tại giáo xứ Song Mỹ, Nha Trang
30-12-1992: thụ phong linh mục cho giáo phận Nha Trang do Đức cha Phaolô Nguyễn Văn Hoà, Giám mục giáo phận Nha Trang.
1992 - 1995: Phó xứ Phước Thiện, giáo phận Nha Trang
1995 - 2003: du học Paris, Pháp; tốt nghiệp với học vị Tiến sĩ Triết học
08-11-2003: trở về Việt Nam, làm giáo sư Đại chủng viện Sao Biển, Nha Trang
12-06- 2004: được Đức Thánh Cha Gioan Phaolô II bổ nhiệm làm Giám mục chính toà giáo phận Thanh Hoá.
04-08-2004: được truyền chức giám mục tại Nhà thờ chính toà Thanh Hoá với châm ngôn “Xin cho họ nên một”.
2007 - tháng 9/2009: Giám quản Tông toà Giáo phận Phát Diệm.
29.10.2016: Được bổ nhiệm làm Tổng Giám mục Tổng Giáo phận Huế, Giám quản Tông toà Giáo phận Thanh Hoá.
Trong Hội đồng Giám mục Việt Nam, Đức cha Giuse Nguyễn Chí Linh đã đảm nhiệm các chức vụ:
2004 - 2007: Chủ tịch Uỷ ban Giáo dân trực thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam
2007 - 2013: Phó Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam
2013 - 2016: Chủ tịch Uỷ ban Mục vụ Di dân trực thuộc Hội đồng Giám mục Việt Nam
Từ tháng 10/2016: Chủ tịch Hội đồng Giám mục Việt Nam.
(WTGP.Huế 09.01.2017)